முன்னர் சிப்பாய்கள் தங்களது மண்ணின் மைந்தர்களான இந்து அல்லது முஸ்லிம் ஆட்சியாளர்களிடம் பணிபுரிந்தனர். தற்போது அந்நியருக்கு பணியாற்றினாலும் முதன்மையான நாட்டுப்பற்றை அவர்கள் மறந்துவிடவில்லை.
வேலூர் கலகம் வெடிக்கும் முன்பே இந்திய சிப்பாய்கள் தங்களது எதிர்ப்புகளை அவ்வப்போது வெளிப்படுத்தி வந்தனர். 1806 மே திங்களில் வேலூர்ப் படையின் ஒரு பிரிவினர் புதிய விதியை எதிர்த்தனர். ஆனால், அவர்களது கோரிக்கை நிராகரிக்கப்பட்டது. அந்த சிப்பாய்களும் தண்டிக்கப்பட்டனர். 500 முதல் 900 கசையடிகள் அவர்களுக்கு அளிக்கப்பட்ட தண்டனையாகும்.
ஜூன் 1-ம் தேதி 1806ம் ஆண்டு முதல் படைப் பிரிவைச் சேர்ந்த இராணுவசிப்பாய் முஸ்தபா பெக் தன்னுடைய உயர் அதிகாரியான கர்னல் போர்ப்ஸிடம் இரகசியமாக ஐரோப்பிய இராணுவ அதிகாரிகளையும் துருப்புகளையும் பூண்டோடு அழிப்பதற்கான திட்டம் தீட்டப்பட்டுள்ளது என்பதை தெரிவித்தார் ஆனால் இச்செய்திக்கு முக்கியத்துவம் அளிக்கப்படவில்லை.
வேலூர் கலகம் உருவாகுவதற்கு முன் திப்புவினுடைய மூத்த மகன் பதே ஹைதர் ஆங்கிலேயருக்கு எதிராக ஒரு கூட்டணியை மராத்திய, பிரெஞ்சு உதவியுடன் அமைக்க முற்பட்டார்.