வேலூர் கலகத்திற்கு பல காரணங்கள் கூறப்படுகின்றன. வணிகக் குழுவின் ராணுவத்தில் பணியாற்றிய சிப்பாய்கள் பல்வேறு சிரமங்களை சந்திக்க வேண்டியிருந்தது.
சுதேச அரசர்கள் அரசியல் களத்திலிருந்து மறையத் தொடங்கியதால் சிப்பாய்கள் வணிகக்குழுவிடம் பணியாற்ற வேண்டிய கட்டாயம் ஏற்பட்டது. கண்டிப்பான ஒழுக்கம், நடைமுறை, புதிய வகை ஆயுதங்கள், புதிய வழிமுறைகள், சீருடை போன்றவை சிப்பாய்களுக்கு புதியதாக தோன்றின. நீண்டகாலமாக பழைய பழக்கங்களில் ஊறித்திளைத்தவர்களுக்கு புதியன புகுதல் என்பது சற்று கடினமாகவும் தவறாகவும் புலப்படும் என்பது இயற்கையே.
அப்போது சென்னை ஆளுநராக இருந்த வில்லியம் பெண்டிங் பிரபுவின் அனுமதியோடு, படைத்தளபதி சர் ஜான் கிரடாக் தலைப்பாகையுடன் கூடிய புதிய சீருடையை அறிமுகப்படுத்தினார். இந்த தலைப்பாகை ஐரோப்பிய தொப்பியைப் போலவே இருந்தது. காதணிகளை அணிவதும், சமய சின்னங்களை இட்டுக்கொள்வதும் தடை செய்யப்பட்டன.
மேலும் சிப்பாய்கள் தங்களது முகத்தை நன்றாக மழித்து மீசைகளை ஒழுங்குபடுத்திக் கொள்ளவேண்டும் என்று விதிக்கப்பட்டனர். ஆனால், இந்த நடவடிக்கைகளை தங்களது சமய மற்றும் சமூகப்பழக்க வழக்கங்களுக்கு இழைக்கப்பட்ட அவமதிப்பாக சிப்பாய்கள் கருதினார்கள். மேலும், அவர்கள் அனைவரையும் கிறித்துவ சமயத்திற்கு மாற்றும் முயற்சிக்கு இது முன்னோடி என்ற பரவலான கருத்தும் நிலவியது.